1樓：匿名使用者
編碼同一氨基酸的
密碼子稱為同義密碼子。比如精氨酸有六種編碼同義密碼子（內aga，
容cgt，cgc，cga，cgg，和agg）。但是在酵母基因組中，精氨酸的48%由密碼子aga確定，而其餘五種編碼精氨酸的同義密碼子（cgt，cgc，cga，cgg，和agg）則以較低的大致相等的頻率被使用（每種10%左右）。類似地，果蠅以完全不同的密碼子使用偏性編碼精氨酸，即比起其它五種選擇（每一種的出現頻率約為13%）來說，果蠅更傾向於使用密碼子cgc（33%）。
密碼子的偏好性怎麼理解？
2樓：匿名使用者
編碼同一氨基酸的不同密碼子稱為同義密碼，其差別僅在密碼子的第3位鹼基不同。
不同種屬間使用同義密碼的頻率有很大差異，如人類基因中，丙氨酸（ale）密碼子多為gca,gcc或gct,而gcg很少使用。
密碼子偏好性分析 說明什麼問題
3樓：匿名使用者
核基因密碼子使用偏好性分析
赤芝(ganoderma lucidum)是一種具有悠久藥用歷史的藥用真菌，其主要活性成分靈芝三萜具有重要的藥用價值，為了實現靈芝三萜的體外高效異源合成，就要首先了解赤芝的密碼子使用特性，從而有針對性的提高關鍵酶基因在原核、真核表達系統中的表達量.通過密碼子使用偏好分析，我們發現赤芝基因組總gc含量為59.5％，密碼子第三位鹼基gc 含量為70.
6％，說明赤芝中偏好以gc 結尾的密碼子，以轉錄組資料為基礎的分析結果一致，表示在沒有基因組資料的情況下，轉錄組分析密碼子偏好性可行.通過計算，我們得到了赤芝中的22 個最優密碼子，與大腸桿菌、釀酒酵母的密碼子使用特性相比，大腸桿菌稀有密碼子在赤芝基因中出現的頻次較低，然後釀酒酵母稀有密碼子在赤芝基因中出現的頻次較高，顯示其對外源赤芝基因的表達會產生一定的影響.
4樓：cofe_飛
每一個物種都有其密碼子使用的偏好性，在這個物種使用頻率高的密碼子在另一個物種裡不一定高，如果兩個密碼子使用頻率差很大，那麼當這個外源基因插入到另一個物種中進行表達時（當然還要構建載體什麼的，不贅述），蛋白的表達量就很低。在進行蛋白表達時，一定要考慮宿主菌的密碼子偏好性，然後根據密碼子的偏好性進行密碼子的優化。
什麼是生物體密碼子偏愛性？
5樓：學無止境
遺傳資訊在由mrna到蛋白質的傳遞過程中是以三聯體密碼子的形式傳遞的。每種氨基酸至少對應一個密碼子，最多的有6種對應的密碼子。編碼同一種氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。
在蛋白質的合成過程中，同義密碼子的使用概率並不相同。某一物種或某一基因通常傾向於使用一種或幾種特定的同義密碼子，這些密碼子被稱為最優密碼子(optimal codon)，此現象被稱為密碼子偏愛性(codon usage bias)。
6樓：歸山狼
有些氨基酸會有多個密碼子，在進行蛋白質合成過程中，並不是所有的負載trna都能和mrna互補結合運載氨基酸，而是這些trna中的幾個會參與蛋白質的合成過程。這就是所謂的偏愛性。
希望你滿意。
如何在ncbi中查基因密碼子偏好性
7樓：匿名使用者
ncbi沒有這樣的資料，你可以在codonusagedatabase查到相關物種的密碼子偏好資訊。
codonusagedatabase資料庫用以計算密碼子偏好的序列資料都是來自ncbi，也是學術界和工業界經常使用的資料庫。該資料庫是用物種名索引的。使用之前必須首先搞清楚你所研究物種的拉丁名（例如 homo sapiens）。
也可按字母瀏覽。不過在檢索方式上，該資料庫不象其他的生物資訊學資料庫那麼靈活，其對檢索詞要求比較嚴格。可能的原因是有些物種的拉丁名非常相似（例如只差一個數字），如果出差錯的話，就是「差之毫釐 謬以千里」。
因此，反覆核對物種名應該是使用該資料庫最重要的步驟。
如果要計算單個或一組基因可以用其提供的countcodon的服務
密碼子偏好性研究 5
8樓：匿名使用者
不同的生物，甚至同種生物不同的蛋白質編碼基因，對簡併密碼子使用頻率並不相同，具有一定的偏愛性，其決定因素是：生物基因組中的鹼基含量 在富含at的生物（如單鏈dna噬菌體fx174）基因組中，密碼子第三位上的u和a出現的頻率較高；而在gc 豐富的生物（如鏈黴菌）基因組中，第三位上含有g或c的簡併密碼子佔90%以上的絕對優勢。已知dnag和rpod（編碼rna聚合酶亞基）及rpsu（30s核糖體上的s21б蛋白）屬於大腸桿菌基因組上的同一個操縱子，而這3個基因產物在數量上卻大不相同，每個細胞內僅有dnag產物50拷貝，而rpod為2800拷貝，rpsu則高達40 000拷貝之多。
研究dnag序列發現其中含有不少稀有密碼子，也就是說這些密碼子在其他基因中利用頻率很低，而在dnag中卻很高。許多調控蛋白如laci、arac、trpr等在細胞內含量也很低，編碼這些蛋白的基因中密碼子的使用頻率和dnag相似，而明顯不同於非調節蛋白。高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程極容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
細胞內對應於稀有密碼子的trna較少，高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
已知氨基酸序列,人工合成基因，在特定受體細胞中表達，如何挑選密碼子？（重點：包含偏好性的問題）
9樓：匿名使用者
首先確定目的細胞的密碼子偏好。儘量用最優密碼子進行反向翻譯。之後，確專認你的目的片段不屬含會使用的酶切位點。
若含有，則用第二順位偏好的密碼子同義突變它。第三，確保你的序列不會出現一定長度的重複序列。若出現，按照密碼子偏好順位同義突變它。
按照這些標準就可以去提交訂單了。如果對程式語言有所掌握，可以編寫一個簡單的程式完成上述工序。
我以前這樣合成過基因，表達情況還不錯~
10樓：匿名使用者
應該挑選」不含歧義「的密碼子。
在不影響此規則情況下，可以隨便挑選。
基因密碼子使用偏好與什麼有關？
11樓：北京理工大學出版社
由於密bai碼子的簡併du性，每個氨基酸至少對zhi應1種密碼子，最多有dao
版6種對應的密碼子。不同物種權、不同生物體的基因密碼子使用存在著很大的差異。各種生物體似乎更偏愛使用某些同義三聯密碼子（即編碼相同氨基酸的密碼子）。
在一些單細胞生物如escherichiacoli、saccharomycescerevisiae中，高表達的基因密碼子的使用偏性一般比較大。這些偏好可能與兩個原因有關：一是避免使用類似終止密碼子的密碼子；二是這些偏好能夠有效地翻譯密碼子，因為這些密碼子對應於生物體中非常豐富的trna。
無論導致這種偏好的原因到底是什麼，不同生物的密碼子使用偏性的差異可以非常大。真實的外顯子一般能反映出這些偏好，而隨機選擇的三聯體序列卻不能。
請問什麼是氨基酸組成上的偏向性？謝謝！
12樓：王牌投手
編碼同一氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。比如精氨酸有六種編碼同義密碼子（aga，cgt，cgc，cga，cgg，和agg）。但是在酵母基因組中，精氨酸的48%由密碼子aga確定，而其餘五種編碼精氨酸的同義密碼子（cgt，cgc，cga，cgg，和agg）則以較低的大致相等的頻率被使用（每種10%左右）。
類似地，果蠅以完全不同的密碼子使用偏性編碼精氨酸，即比起其它五種選擇（每一種的出現頻率約為13%）來說，果蠅更傾向於使用密碼子cgc（33%）。
遺傳資訊在由mrna到蛋白質的傳遞過程中是以三聯體密碼子的形式傳遞的。每種氨基酸至少對應一個密碼子，最多的有6種對應的密碼子。編碼同一種氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。
在蛋白質的合成過程中，同義密碼子的使用概率並不相同。某一物種或某一基因通常傾向於使用一種或幾種特定的同義密碼子，這些密碼子被稱為最優密碼子(optimal codon)，此現象被稱為密碼子偏好性(codon usage bias)。人們已對不同物種的密碼子使用偏好性進行了一些研究，發現不同物種的基因在密碼子使用上存在著明顯的偏好性；不同功能的基因其密碼子使用偏好性也存在較大的差異。
密碼子使用的相對概率(relative synonymous codon usage，rscu)作為衡量的標準。rscu是指對於某一特定的密碼子在編碼對應氨基酸的同義密碼子間的相對概率，它去除了氨基酸組成對密碼子使用的影響，如果密碼子的使用沒有偏好性的話，該密碼子的rscu值等於1。當某一密碼子的rscu值大於1時，代表該密碼子為使用相對較多的密碼子，反之亦然。
它計算簡便，而且直觀地反映了密碼子使用的偏好性。
密碼子適應指數(codon adaption index。cai)該指數以一組具高表達水平的基因為參考，測量某一個基因的密碼子偏好情況和這些高表達基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個基因完全使用高表達基因中所用的密碼子，則其cai值為1。目前這個指數已被廣泛用來**基因的表達水平。
有效密碼子數(efective number of codon。nc)cai測量的是某個基因所用的密碼子與高表達基因所用密碼子的接近程度。和cai不同，nc 測量的是某個基因的密碼子偏好程度，如果一個基因平均使用每一個密碼子，則其nc為61，如果一個基因只使用每組同義密碼子中的一個，則其nc為20。
理論上講，一個具有低cai的基因也可以同時具有低nc值，換句話說，該基因具有較強的密碼子偏好性，只不過其偏向的並不是高表達基因所用的密碼子。
gc 和gc3s：gc測量的是基因中g和c的含量。gc3s則計算密碼子第三個鹼基中出現g或c的頻率。一般認為這兩個因素對基因的密碼子選擇有重要影響。
什麼是密碼子的擺動性，何謂密碼子的搖擺性
1966年，crick 克里克爵士 根據立體化學原理提出擺動學說 webblehypothesis 解釋了反密碼子中某些稀有成分 如i 的配對。擺動學說認為，在密碼子與反密碼子的配對中，前兩對嚴格遵守鹼基配對原則，第三對鹼基有一定的自由度，可以 擺動 因而使某些trna可以識別1個以上的密碼子。cr...
密碼子到底有哪些特性,密碼子的特點有哪些？
遺傳密碼子是三聯體密碼 一個密碼子由信使核糖核酸 mrna 上相鄰的三個鹼基組成。密碼子具有通用性 不同的生物密碼子基本相同，即共用一套密碼子。遺傳密碼子無逗號 兩個密碼子間沒有標點符號，密碼子與密碼子之間沒有任何不編碼的核苷酸，讀碼必須按照一定的讀碼框架，從正確的起點開始，一個不漏地一直讀到終止訊...
反密碼子有啥作用？具體,密碼子的特點有哪些？
就是和mrna上的密碼子進行鹼基互補配對，使得蛋白質的翻譯準確，使得基因的表達準確無誤。反密碼子 rna鏈經過摺疊，看上去像三葉草的葉形，其一端是攜帶氨基酸的部位，另一端有3個鹼基。每個trna transfer rna 的這3個鹼基可以與mrna上的密碼子互補配對，因而叫反密碼子。trna分子二級...