如何查詢某個基因片段的甲基化位點

2021-03-03 20:27:06 字數 1217 閱讀 5431

1樓:匿名使用者

找甲基化位點也就cpg島一般是有以下幾個方法:

1. msp,亞硫酸氫鹽轉化後,將你想測的基因區域(如啟動子區)轉入細菌質粒中,進行測序(金標準).挑克隆7/10是甲基化的克隆認為這個位點70%甲基化.

大概可以測400+片段,但是問題是沒有辦法太精確,因為測得越多越精確,測太多太貴.

2. 焦磷酸測序,這裡指的是qiagen的pyromark焦磷酸測序,亞硫酸氫鹽轉化後,對於啟動子片段進行pcr擴增,測序,測出甲基化程度,儀器中q24有fda的認證,可以合作開發開發試劑盒.大概可以測60-70bp片段,勝在快速和穩定,但是引物設計成功率不高50%左右,適合小樣本.

3. massarray平臺進行甲基化檢測,用的是質譜法,也是亞硫酸氫鹽轉化,針對目標片段可以最多到500bp,但是問題是要求樣本量一般比較大,位點數*樣本數要等於384才好做,至少大於300因為那東西一張**384,用兩次就廢了,一週不用完也廢了.

4. 甲基化晶片如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯.

5. 甲基化測序,這個比較高階,也比較貴,25000一個,一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式,全基因組範疇,效果拔群.

如何尋找一個基因的甲基化調控位點

2樓:111尚屬首次

找甲基化位點也就cpg島一般是有以下幾個方法:

1. msp,亞硫酸氫鹽轉化後,將你想測的基因區域(如啟動子區)轉入細菌質粒中,進行測序(金標準)。挑克隆7/10是甲基化的克隆認為這個位點70%甲基化。

大概可以測400+片段,但是問題是沒有辦法太精確,因為測得越多越精確,測太多太貴。

2. 焦磷酸測序,這裡指的是qiagen的pyromark焦磷酸測序,亞硫酸氫鹽轉化後,對於啟動子片段進行pcr擴增,測序,測出甲基化程度,儀器中q24有fda的認證,可以合作開發開發試劑盒。大概可以測60-70bp片段,勝在快速和穩定,但是引物設計成功率不高50%左右,適合小樣本。

3. massarray平臺進行甲基化檢測,用的是質譜法,也是亞硫酸氫鹽轉化,針對目標片段可以最多到500bp,但是問題是要求樣本量一般比較大,位點數*樣本數要等於384才好做,至少大於300因為那東西一張**384,用兩次就廢了,一週不用完也廢了。

4. 甲基化晶片如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯。

5. 甲基化測序,這個比較高階,也比較貴,25000一個,一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式,全基因組範疇,效果拔群。

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