基因測序中,測序深度為獼猴基因組「11 56倍」的覆蓋率是什麼意思?這裡的倍數是什麼意思

2021-04-17 22:07:42 字數 1001 閱讀 2452

1樓:量子天堂

假設一個獼bai猴基因組共有a個鹼基,du那zhi麼這次測序共測出了dao11.56a個鹼基,相當於平內均每一個鹼容基都被測了11.56次。

高通量測序是將基因組隨機打斷成小於150bp的片段,之後進行拼接,只有提高覆蓋率,才能保障拼接的準確性。

基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

2樓:小小大大

測序深度是指bai測序資料對基因組du覆蓋深zhi度,如人類基因組有dao3g,我們測了過濾回得到clean data 90g資料量,那麼答測序深度是90/3=30x,覆蓋度是,90g資料比對到人類參考基因組上,可以覆蓋基因組的比例,如覆蓋度80%

高通量測序的結果怎麼計算覆蓋率

3樓:西北守望著

覆蓋度是指測序產出的資料覆蓋到目標基因組上的比例,與測序深度相關。以人類基因組測序為例:測序深度=reads數×片段大小(bp)/3000000000。

如果文庫片段是100bp,產出500w的reads,那麼其測序深度是0.167×,覆蓋度是16.7%。

在1×測序深度以內,覆蓋度與測序深度呈正相關的比例,當測序深度達到一定程度時覆蓋度並沒有顯著提高。同樣以人類基因組為例:1×測序深度其覆蓋度是63.

21%,2×測序深度其覆蓋度是87.46%,5×測序深度其覆蓋度是99.3%,10×測序深度其覆蓋度是99.99%

什麼是測序覆蓋率

4樓:美吉生物

覆蓋度是指測序獲得的序列佔整個基因組的比例。由於基因組中的高gc、重複序列等複雜

結構的存在,測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區域,這部分沒有獲得的區域就稱為gap。例如一個細菌基因組測序,覆蓋度是98%,那麼還有2%的序列區域是沒有通過測序獲得的。

5樓:匿名使用者

這個你可以直接打**給你測序的公司,讓他們給你解釋!

高通量基因組測序中什麼是測序深度和覆蓋度

可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比 高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋 簡潔版 深度即 測序得到的總鹼基數 基因組鹼基數 也可以理解為將基因組測了幾遍。測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。覆蓋度原來是指基因 轉錄組上測序測到的部分佔整個...

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