進化樹構建方法的選取
1樓：新科技
比較幾種主要的構樹方法，一般情況下，若有合適的分子進化模型可供選擇，用最大似然法（ml）構樹獲得的結果較好；對於近緣物種序列，通常情況下使用最大簡約法(mp)；而對於遠緣物種序列，一般使用鄰接法(nj)或最大似然法(ml)。對於相似度很低的序列，鄰接法往往出現長枝吸引(branch attraction)現象，有時嚴重干擾進化樹的構建。對於各種方法重建進化樹的準確性，hall (2005)認為貝葉斯法最好，其次是最大似然法(ml)，然後是最大簡約法(mp)
其實如果序列的相似性較高，各種方法都會得到不錯的結果，模型間的差別也不大。鄰接法和最大似然法是需要選擇模型的。蛋白質序列和dna序列的模型選擇是不同的。
蛋白質序列的構樹模型一般選擇poissoncorrection(泊松修正)，而核酸序列的構樹模型一般選擇kimura2-parameter (kimura一2引數)。如果對各種模型的理解並不深入，最好不要使用其他複雜的模型。引數的設定推薦使用預設的引數。
nj法。它的特點是重建的樹相對準確，假設少，計算速度快，只得到一棵樹。其缺點主要表現在將序列上的所有位點同等對待，且所分析序列的進化距離不能太大。
故nj法適用於進化距離不大，資訊位點少的短序列。
mp法。適用於序列殘基差別小，具有近似變異率，包含資訊位點比較多的長序列。
ml法。在進化模型選擇合理的情況下，ml法是與進化事實吻合最好的建樹演算法。其缺點是計算強度非常大，極為耗時。
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