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dn**段的克隆需要合適的載體，載體或是質粒，或是噬菌體，或是病毒，通常大多經過人工改造[地的。作為載體必須具備兩條件：一是該載體在細胞內必須能自主複製，即必須具備複製原點；二是該載體必須具備適合的酶切位點，且這些酶切位點不在複製原點區域內。
以上兩條，保證了載體的可繁殖性和可利用性。為了便於獲得陽隆克隆，載體上常有篩選標記，如對抗菌素的抗性，某些基因產物的顯色反應等。
一、質粒
常用的有pbr322，puc系列質粒等。
（一）pbr322質粒是4362bp的環狀雙鏈dna載體，有2個抗藥性基因（四環素和氨苄青黴素），一個複製起始點和多個用於克隆 的限制酶切點。當缺失抗藥性基因的大腸桿菌被pbr322成功地轉化時，它便從該質粒獲得了抗生素抗性。兩個抗生素基因中均含供插入外源dna用的不同的單一酶切位點。
一般只選一個抗生素基因作為插入外源dna之用。外源dna插入後該抗生素抗性失活。另一抗生素抗性基因則作為轉化細菌後篩選陽性克隆 之用。
（二）puc系列質粒是2.7kb的雙鏈dna質粒，有一個複製起點，一個氨苄青黴素抗性基因和一個多克隆位點，多克隆位點處於表達lacz基因產物-β-半乳糖苷酶的氨基端片段，用puc質粒轉化lacz基因有突變的大腸桿菌株（m15）時，因為由質粒表達的α－肽補充了大腸桿菌卻失的α－肽，所以恢復了分解半乳糖的能力。在加入iptg和x-gal的培養基上，長出藍色克隆。
如果在多克隆位點內插入外源dna，由於它破壞了α－肽的表達，因而在加入iptg和x－gal的培養基，不能長出藍色克隆，這就是所謂的藍白篩選。
二、單鏈絲狀噬菌體和噬粒
（一）大腸桿菌絲狀噬菌體包括m13噬菌體f噬菌體等，其基因組 均是單鏈閉環dna分子，其中m13mp系列克隆載體是對野生型m13加以改造，插入了多克隆位點和lacz基因後的載體，所以也是可以利用iptg和x-gal作藍白篩選的，m13感染大腸桿菌後，即在菌體內酶的作用下，以感染性單鏈dna（正鏈）為模板，轉變為雙鏈dna，稱作複製型dna（rf dna）。一般當每一個細胞內有100-200個rf dna拷貝時，即停止複製，產生有感染性的完整的單鏈絲狀噬菌體並分泌離開菌體。感染m13的大腸桿菌可繼續生長，並不發生裂解，但生長速度則較正常菌慢，取感染m13的細菌培養液離心，即可從菌體中提取rf dna，供限制酶切割等分子克隆操作之用；從離心後的上清液中，可用聚乙二醇（peg）沉出噬菌體顆粒，提取單鏈dna（ss dna）供dna序列分析，體外定位突變等使用。
（二）噬粒（phagemid）在質粒dna中插入一段單鏈噬菌體的複製起始點dna，即構成了噬粒，如pgem-3zf（-）就是一種噬粒。噬粒可像一般質粒一樣操作，但當需要製備單鏈dna時，就需要在培養時加入輔助噬菌體，常用的輔助噬菌體有m13ko7和r408。培養好的菌液在離心除去菌體後，上清中加入peg即可沉出含有單鏈dna的顆粒。
噬粒也常用於dna序列分析和體外定位突變。分子克隆常用載體除了上述兩類以外，還有 噬菌體和粘粒，詳細情況可參閱有關資料。
由於分子克隆載體的大小決定外源dna插入片段的大小，兩者呈反比關係，因而在建立載體時千方百計地減小載體分子量。對於穿梭載體，因為複製起點和標記基因具有生物特異性，所以載體上需要同時具有兩個以上的複製起點和標記基因。
選擇克隆載體的幾個重要引數：
1、實驗物件
2、實驗性質
3、載體容量
4、 合適克隆位點
5、載體的穩定性
6、克隆載體的特點
實驗物件：
1、供體：遺傳背景與dna特點等，其中包括染色體dna大小，基因大小與結構，鹼基組成，目的基因的產物特點以及遺傳物質的傳遞方式等。
2、受體：各種中間宿主與終宿主的遺傳背景，如遺傳物質的傳遞方式（包括認為的方法），dna限制修飾系統，dna重組基因特點，基因產物修飾系統，即轉錄與翻譯後修飾系統。
實驗性質：
分子克隆的一般程式包括以下幾步：
1、分離供體dna或rna（mrna）和載體dna
2、構建基因文庫或cdna文庫
3、目的基因或cdna克隆的篩選
4、目的基因或cdn**段的鑑定：限制酶譜，次克隆，核苷酸序列分析，基因結構分析等
5、基因表達與調控機理的研究
克隆載體容量：
m13mp載體 <4 kb
細菌質粒載體 <10kb
λ載體 <23kb
cos質粒載體 <48kb
p1載體 <95kb
peasy載體 ∽1000kb
合適的克隆位點：
單克隆位點和多克隆位點；單克隆位點的克隆載體就能夠很方便的在基因上設計酶切位點，如peasy-t1 ****** cloning kit克隆載體，雙抗，無多克隆酶切位點；而多克隆位點的克隆載體中，酶切位點多，相對於實驗來說也更容易。如peasy-t1 cloning kit克隆載體，雙抗性，酶切位點多。
克隆載體的穩定性：
克隆載體的穩定性決定著實驗的成敗，如果克隆載體在基因克隆過程中足夠的穩定，而且能夠多次的重複利用，那麼此克隆載體的穩定性很好。如peasy-t5 zero cloning kit克隆載體的研發資料顯示10kb目的基因可以穩定的連線。
克隆載體的特點：
不同品牌的克隆載體或多或少都有著不同的特性差異，即使基本的原理和作用都相同，但是一些細小的差別能決定著生物實驗過程的成敗。如peasy系列的克隆載體就有著5min快速克隆，克隆穩定性極強，最大的一個特點是一般的克隆載體需要在中間的實驗步驟加入t4連線酶，將目的基因和載體基因序列連結在一起，而peasy系列克隆載體屬於一體式克隆載體，在載體基因的兩端就附帶了「膠水」，能有效的使目的基因連線到載體基因上。
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